詳細(xì)介紹
T3體外轉(zhuǎn)錄試劑盒是基于沙門氏噬菌體 T3 RNA 聚合酶的 RNA 體外轉(zhuǎn)錄試劑盒,它
利用含有 T3 啟動(dòng)子的模版 DNA,以 NTP 為底物,從 T3 啟動(dòng)子下游開始合成
與模板 DNA 中一條鏈互補(bǔ)的 RNA,簡(jiǎn)單快速獲得大量的 RNA 分子。
T3體外轉(zhuǎn)錄試劑盒具有下列特點(diǎn):
1. 即開即用,用戶只需提供含 T3 啟動(dòng)子的 DNA 模板即可以進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄實(shí)
驗(yàn),不需耍單獨(dú)準(zhǔn)備每一個(gè)成份。
2. 單溶液預(yù)配液,減少加樣次數(shù),避免了操作誤差,增加了可重復(fù)性。
3. 模板 DNA 可以是線性化的質(zhì)粒 DNA,也可以是 PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物。
4. 可以合成的 RNA 的*長(zhǎng)度在 20 nt 到 5000 nt 之問(wèn)。
5. 產(chǎn)品配方經(jīng)過(guò)精心優(yōu)化,每 ug DNA 模板可以合成 2-6 ug RNA。
6. 得到的 RNA 可以用于 RNA 結(jié)構(gòu)研究、核解生物化學(xué)、體外翻譯、RNA-
蛋白質(zhì)相互作用、反義技術(shù)、SELEX 技術(shù)和 RNA 干擾(RNAi)等實(shí)驗(yàn)。
規(guī)格及成分 成份 編號(hào) 塑料袋包裝
轉(zhuǎn)錄預(yù)配液(2×) 91108A 0.5 mL
陽(yáng)性對(duì)照 DNA
(1.3 kb 片段) 91108B
20 μL
(10 ng/μL)
T3 RNA 聚合酶混合液 120309 50 μL
RNase-free 水 80403 1 mL
使用手冊(cè) 1 份
運(yùn)輸及保存 低溫運(yùn)輸,-20℃保存, 有效期一年。
自備試劑 如果需要去除轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物中的 DNA 模板,則需要 RNase-free DNase 、Tris 飽
和酚、氯、微量核酸沉淀劑、RNase-free 75%乙醇(均可從本公司另購(gòu))
使用方法 一、制備 DNA 模板
PCR 片段和質(zhì)粒 DNA 都可以用作體外轉(zhuǎn)錄的模板,但是必須注意以下幾
點(diǎn)。一是必須使用線性化的 DNA。如果是質(zhì)粒 DNA,則必須先用適當(dāng)?shù)?br />限制性內(nèi)切酶切成線狀。二是需要轉(zhuǎn)錄的 DNA 序列的上游必須有 T3 啟動(dòng)
子。如果模板是 PCR 產(chǎn)物,則可以在設(shè)計(jì)引物時(shí)將 T3 啟動(dòng)子序列
(5’AATTAACCCTCACTAAAGG 3’)加上。如果是將 DNA 片段克隆
到載體上,則需要選擇有 T3 啟動(dòng)子的載體,并且克隆位點(diǎn)必須位于 T3 啟
動(dòng)子下游。三是需要轉(zhuǎn)錄的 DNA 序列的下游端zui不要是 3’突出。如果
是 3’突出(如選擇了 Pst I 來(lái)線性化質(zhì)粒),則zui用 T4 DNA 聚合酶修
平。四是必須保證 DNA 模板中沒(méi)有 RNase。由于提取質(zhì)粒 DNA 的過(guò)程中
一般要使用大量的 RNase A,因此質(zhì)粒 DNA 一般都有嚴(yán)重的 RNase A 污
染,所以在用作模板前,zui采取膠回收得方法回收質(zhì)粒 DNA。并且加入
少量總 RNA 一起保溫,然后電泳檢測(cè) RNA 是否被降解,以此判斷純化的
DNA 模板是否有殘留 RNase A。
二、體外轉(zhuǎn)錄反應(yīng)
1. 在一個(gè) RNase-free 的塑料離心管中,在室溫下(不是在 4℃下)按次序
加入下列成分:
成分 加入量 備注
DNA 模板 X uL
總量在 50 ng-1 ug(如果模板
是 PCR 片段,建議用 50 ng 左
右;如果模板是質(zhì)粒 DNA,建
議用 1 ug 左右;如果用本產(chǎn)品
提供的陽(yáng)性對(duì)照,建議用 4 uL)
轉(zhuǎn)錄預(yù)配液(2×) 10 uL 需室溫時(shí)使用
T3 RNA 聚合酶
混合液
1 uL
本成分還含其他促進(jìn)劑,所以是
混合物
RNase-free 水 補(bǔ)水到 20uL
注:此為 20uL 反應(yīng)體系的用量,對(duì)其他體積的反應(yīng)體系,各成分的用
量可以按比例增減。如果需要標(biāo)記 RNA 探針,則需要定做 NTP 分開而
不是 NTP 預(yù)先混合的試劑盒。如果需要得到加帽 RNA,則需要加入自備
的加帽修飾核苷酸(本公司有各種加帽修飾核苷酸)。
2. 37℃保溫 1-2 小時(shí)。注意:延長(zhǎng)保溫時(shí)間并不能提高產(chǎn)量。
3. 70℃加熱 10 分鐘滅活 T3 RNA 聚合酶。
4. 取 1-3 uL 電泳檢測(cè)轉(zhuǎn)錄效果。一般 1 ug DNA 可以合成 5-10 ug 的 RNA。
5. 得到的 RNA 可以放-80℃保存。
注:若需進(jìn)一步去除 DNA 模板,可參考下列操作步驟,但所用試劑需另行購(gòu)買,
本試劑盒不提供。
1. 在體外轉(zhuǎn)錄結(jié)束后,在反應(yīng)體系中加入 3-5 U 自備的 RNase-free DNase
(CAT#:90903;3-5 U/uL)。
2. 37℃保溫 15-30 分鐘。
3. 補(bǔ)水到 100 uL,
4. 用自備的等體積(100 uL)的 Tris 飽和酚-氯抽提一次去除殘留的 DNase
和 RNA 聚合酶。
5. 在上清中加 200 uL 自備的微量核酸沉淀劑(CAT#50903;用前需要搖晃
混勻),振蕩后 15000 rpm 離心 3-5 分鐘,棄上清。
6. 加入 1 mL 75%乙醇,震蕩 10 秒后 15000 rpm 離心 3-5 分鐘,棄上清。
7. 短暫離心數(shù)秒,用槍頭吸棄上清。
8. 晾干半分鐘,所得沉淀即去除 DNA 模板后的 RNA。可溶于 RNase-free
水中后立即使用或放-80℃長(zhǎng)期保存。
答客問(wèn)
1、沒(méi)有 RNA 產(chǎn)物。zui常見原因是 DNA 模板有 RNase 污染,測(cè)試方法是用純
化的 RNA 跟模板 DNA 一起保溫,再檢測(cè) RNA 是否降解。本試劑盒緩沖液
和酶混合液中有 RNase inhibitor,如果模板 RNase 污染嚴(yán)重,可能需要
用戶補(bǔ)加 RNase inhibitor。
2、RNA 產(chǎn)量低。zui常見的原因是 DNA 模板序列。在轉(zhuǎn)錄序列的*個(gè)和第二
個(gè)堿基zui都是 G,在前 14 個(gè)堿基內(nèi)避免有 U 存在。
3、RNA 長(zhǎng)度比預(yù)期的短??赡苁悄0逍蛄兄杏?T3 RNA 聚合酶的終止序列。
可以改用 SP6 或 T7 體外轉(zhuǎn)錄試劑盒(啟動(dòng)子也必須改成 SP6 或 T7 啟動(dòng)
子)。
4、RNA 長(zhǎng)度比預(yù)計(jì)的長(zhǎng)。T3 RNA 聚合酶跟 Taq DNA 聚合酶一樣,有不依賴
于模板的加尾功能,zui多有一半的 RNA 可以帶一個(gè)或兩個(gè)堿基的尾巴。如
果 RNA 長(zhǎng)度比預(yù)計(jì)的長(zhǎng)很多,使用的模板又是質(zhì)粒 DNA,則可能是質(zhì)粒
DNA 線性化不*。
5、5’單磷酸還是三磷酸。如果使用 GTP,則得到的 RNA 是三磷酸,體外轉(zhuǎn)
錄時(shí)如果保溫時(shí)間太長(zhǎng)(如 12 小時(shí)),則有 50%的三磷酸會(huì)變成單磷酸。
如果在轉(zhuǎn)錄體系中加入 GMP,則 T3 RNA 聚合酶將優(yōu)先使用 GMP,所得
RNA 產(chǎn)物中 5’端是單磷酸的比例將大大增加。
6、如何得到帶帽 RNA?需加入帶帽 NTP 類似物即可,本公司提供 5 種供選擇
(產(chǎn)品編號(hào) 130694-130698)。
關(guān)聯(lián)產(chǎn)品 T7 體外轉(zhuǎn)錄試劑盒(CAT#:91106)、SP6 體外轉(zhuǎn)錄試劑盒(CAT#:91107)
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