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截短型 HBsAg 中蛋白反式激活基因克隆

來源:威尼德生物科技(北京)有限公司   2024年11月06日 16:22  

一、引言

乙肝病毒(HBV)感染是全球性的公共衛(wèi)生問題,嚴重威脅人類健康。HBsAg(乙肝表面抗原)在 HBV 生命周期和致病過程中發(fā)揮著復雜而關鍵的作用。其中,截短型 HBsAg 中蛋白具有更好的生物學功能,尤其是其潛在的反式激活特性,可能參與調(diào)控宿主細胞內(nèi)眾多基因的表達,進而影響病毒的復制、宿主的免疫應答以及疾病的進展。然而,目前對于截短型 HBsAg 中蛋白反式激活的具體靶基因尚未完整明確。因此,開展截短型 HBsAg 中蛋白反式激活基因克隆的研究,對于深入剖析 HBV 致病機制具有至關重要的意義,有望為乙肝的診斷和治療帶來新的突破。

二、材料與方法

(一)材料

細胞系與菌株

選擇合適的肝細胞系,如 HepG2 細胞,其具有乙肝病毒感染相關的生理特性,能夠較好地模擬體內(nèi)環(huán)境。同時,準備用于基因克隆的大腸桿菌菌株,如 DH5α,用于后續(xù)的質(zhì)粒擴增和保存。

試劑與儀器

高質(zhì)量的反轉(zhuǎn)錄試劑盒、DNA 聚合酶、限制性內(nèi)切酶、T4 DNA 連接酶等分子生物學試劑。此外,配備核酸電泳儀、PCR 儀、基因測序儀、熒光顯微鏡等先進儀器設備。

(二)方法

截短型 HBsAg 中蛋白表達載體的構建

截短型 HBsAg 中蛋白基因片段的獲?。和ㄟ^基因合成或從 HBV 感染的臨床樣本中擴增截短型 HBsAg 中蛋白基因片段。設計特異性引物,利用 PCR 技術從提取的 HBV DNA 中擴增目的基因片段。PCR 反應條件經(jīng)過優(yōu)化,包括合適的退火溫度、延伸時間等,以確保擴增產(chǎn)物的特異性和產(chǎn)量。

載體選擇與處理:選擇合適的真核表達載體,如 pcDNA3.1。使用特定的限制性內(nèi)切酶對載體進行雙酶切,使其線性化。酶切反應體系嚴格按照酶的說明書進行配制,確保酶切完整。

基因片段與載體的連接:將擴增得到的截短型 HBsAg 中蛋白基因片段與線性化的載體通過 T4 DNA 連接酶在合適的溫度和緩沖體系下進行連接,構建重組表達載體。連接產(chǎn)物通過轉(zhuǎn)化大腸桿菌 DH5α,在含有相應抗生素的 LB 平板上篩選陽性克隆。挑取單克隆進行擴大培養(yǎng),提取質(zhì)粒進行酶切鑒定和測序驗證,確保重組載體構建正確。

細胞轉(zhuǎn)染與篩選

細胞培養(yǎng)與轉(zhuǎn)染準備:將 HepG2 細胞培養(yǎng)在含 10% 胎牛血清、1% 青霉素 - 鏈霉素的 DMEM 培養(yǎng)基中,在 37℃、5% CO?的培養(yǎng)箱中培養(yǎng)至合適的細胞密度。轉(zhuǎn)染前一天,將細胞接種于 6 孔板或其他合適的培養(yǎng)器皿中,使轉(zhuǎn)染時細胞達到 70 - 80% 匯合度。

轉(zhuǎn)染方法:采用脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染法或電轉(zhuǎn)染法將構建好的截短型 HBsAg 中蛋白表達載體轉(zhuǎn)染入 HepG2 細胞。對于脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染,將重組質(zhì)粒與脂質(zhì)體按照一定比例混合,在無血清培養(yǎng)基中孵育形成復合物后,加入到細胞培養(yǎng)孔中。電轉(zhuǎn)染則需優(yōu)化電轉(zhuǎn)參數(shù),如電壓、脈沖時間等,以提高轉(zhuǎn)染效率同時保證細胞存活率。

穩(wěn)定轉(zhuǎn)染細胞株的篩選:轉(zhuǎn)染后 48 - 72 小時,加入含有合適篩選藥物(如 G418)的培養(yǎng)基進行篩選。定期更換篩選培養(yǎng)基,直至出現(xiàn)穩(wěn)定生長的細胞克隆。挑取單克隆擴大培養(yǎng),通過 Western blotting 或免疫熒光等方法檢測截短型 HBsAg 中蛋白的表達情況,確保獲得穩(wěn)定表達截短型 HBsAg 中蛋白的細胞株。

基因表達譜分析

總 RNA 提取:收集穩(wěn)定表達截短型 HBsAg 中蛋白的 HepG2 細胞和對照細胞(轉(zhuǎn)染空載體的細胞),使用 TRIzol 試劑或其他高效的 RNA 提取試劑盒提取總 RNA。提取過程中注意避免 RNA 酶污染,通過瓊脂糖凝膠電泳和核酸定量儀檢測 RNA 的完整性和濃度。

RNA 測序或基因芯片分析:采用 RNA 測序技術或基因芯片技術對兩組細胞的基因表達譜進行分析。對于 RNA 測序,構建 cDNA 文庫,使用高通量測序平臺進行測序。對于基因芯片,將標記后的 RNA 與芯片進行雜交,通過掃描芯片獲取基因表達數(shù)據(jù)。

差異表達基因篩選:對獲得的基因表達數(shù)據(jù)進行生物信息學分析,通過合適的統(tǒng)計學方法篩選出在截短型 HBsAg 中蛋白表達細胞中差異表達的基因。設定合理的閾值,如倍數(shù)變化大于 2 倍且具有統(tǒng)計學意義(P < 0.05)的基因作為差異表達基因。

反式激活基因的克隆

候選基因的確定:根據(jù)基因表達譜分析結果,從差異表達基因中篩選出可能受截短型 HBsAg 中蛋白反式激活的候選基因。這些候選基因可能涉及細胞信號轉(zhuǎn)導、免疫調(diào)節(jié)、細胞周期調(diào)控等與 HBV 致病相關的生物學過程。

基因克隆策略:對于候選基因,設計特異性引物,通過 PCR 技術從基因組 DNA 或 cDNA 中擴增目的基因片段。對于基因組 DNA 擴增,需考慮基因的內(nèi)含子結構,確保擴增出完整的基因編碼序列。對于 cDNA 擴增,則可直接從總 RNA 反轉(zhuǎn)錄得到的 cDNA 中進行。擴增產(chǎn)物經(jīng)過瓊脂糖凝膠電泳分離、純化后,連接到合適的克隆載體(如 pMD18 - T 載體)上。連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌 DH5α,通過藍白斑篩選或菌落 PCR 篩選陽性克隆。挑取陽性克隆進行擴大培養(yǎng),提取質(zhì)粒進行酶切鑒定和測序驗證,確保成功克隆候選基因。

三、結果

截短型 HBsAg 中蛋白表達載體構建成功

經(jīng)過酶切鑒定和測序驗證,成功構建了含有截短型 HBsAg 中蛋白基因的真核表達載體,其序列與預期一致,為后續(xù)的細胞轉(zhuǎn)染和功能研究奠定了基礎。

穩(wěn)定表達截短型 HBsAg 中蛋白的細胞株建立

通過篩選,獲得了穩(wěn)定表達截短型 HBsAg 中蛋白的 HepG2 細胞株。Western blotting 和免疫熒光結果顯示,截短型 HBsAg 中蛋白在細胞中正確表達,且表達水平穩(wěn)定。

基因表達譜分析揭示差異表達基因

RNA 測序或基因芯片分析結果顯示,在穩(wěn)定表達截短型 HBsAg 中蛋白的細胞株中,存在大量差異表達基因。這些基因涉及多個生物學過程和信號通路,其中一些與乙肝病毒感染和致病機制密切相關。

反式激活基因克隆成功

通過對差異表達基因的篩選和克隆,成功獲得了多個可能受截短型 HBsAg 中蛋白反式激活的基因克隆。這些基因的成功克隆為進一步研究截短型 HBsAg 中蛋白的反式激活機制提供了重要的實驗材料。

四、討論

本研究通過構建截短型 HBsAg 中蛋白表達載體、建立穩(wěn)定轉(zhuǎn)染細胞株、分析基因表達譜以及克隆反式激活基因等一系列實驗,深入探究了截短型 HBsAg 中蛋白的反式激活作用。研究結果表明,截短型 HBsAg 中蛋白能夠顯著影響宿主細胞的基因表達,這些受調(diào)控的基因可能在 HBV 感染和致病過程中發(fā)揮重要作用。然而,本研究仍存在一些局限性。例如,基因表達譜分析可能存在一定的假陽性或假陰性結果,需要進一步通過其他實驗方法進行驗證。此外,對于克隆得到的反式激活基因,其具體的作用機制和在 HBV 致病過程中的功能仍需深入研究。未來的研究可以進一步利用基因編輯技術(如 CRISPR/Cas9)對克隆得到的基因進行功能驗證,同時深入探究截短型 HBsAg 中蛋白與宿主細胞蛋白之間的相互作用,為全面理解 HBV 致病機制和開發(fā)新型抗病毒治療策略提供更堅實的理論基礎。

五、結論

綜上所述,我們成功完成了截短型 HBsAg 中蛋白反式激活基因克隆的研究。通過本研究,為深入理解 HBV 致病機制開辟了新的途徑,為乙肝的診斷和治療提供了潛在的新靶點和理論依據(jù),有望推動乙肝防治領域的進一步發(fā)展。同時,本研究也為后續(xù)相關研究提供了重要的實驗方法和技術參考。


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