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PCR反應(yīng)體系主要是什么?

閱讀:763      發(fā)布時間:2023-10-23
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你知道PCR反應(yīng)體系主要包含那些嗎?讓我們一起來看看吧!

一、模板(template)

模板即擴(kuò)增用的DNA,可以是任何來源DNA(如基因組DNA、質(zhì)粒DNA)RNA(如總RNA、mRNA、tRNA、rRNA、病毒RNA等),但必須符合兩個條件:一是純度必須較高,二是濃度不能太高以免抑制。模板是待擴(kuò)增的目的基因或特異片段,如診斷病人是否攜帶有突變基因時,其模板就是提取的病人血液中的DNARNA片段。PCR對模板DNA的純度不要求很高,但應(yīng)盡量不含有對PCR反應(yīng)有抑制作用的雜質(zhì)存在,如蛋白酶、核酸酶、Taq DNA聚合酶抑制劑、能與DNA結(jié)合的蛋白質(zhì)。

二、引物(primers)

人工合成的一對引物可以分別與兩條模板DNA互補(bǔ)結(jié)合的寡核苷酸序列,其中一條稱為上游引物,另一條稱為下游引物。引物是PCR特異性反應(yīng)的關(guān)鍵,PCR產(chǎn)物的特異性取決于引物與模板DNA互補(bǔ)的程度。理論上,只要知道任何一段模板DNA序列,就能按其設(shè)計互補(bǔ)的寡核苷酸鏈做引物,利用PCR就可將模板DNA在體外大量擴(kuò)增。引物濃度一般為0.1~0.5umol/L,濃度過高會引起錯配和非特異擴(kuò)增,濃度過低則得不到產(chǎn)物或產(chǎn)量過低。引物長度一般為15~30bp,引物過長或過短都會降低特異性。其3'末端一定要與模板DNA配對,末位堿基最好選用A、C、G(T錯配也能引發(fā)鏈的延伸)。引物GC45%~55%,堿基應(yīng)盡量隨機(jī)分布,避免嘧啶或嘌呤堆積,兩引物之間不應(yīng)有互補(bǔ)鏈存在,不能與非目的擴(kuò)增區(qū)有同源性。

三、底物(dNTP)

dNTP包括dATP、dTTP、dGTP、dCTP。dNTP溶液呈酸性,使用時應(yīng)配成高濃度后,以1mol/L NaOH1mol/L Tris-HCl的緩沖液將其pH調(diào)節(jié)至7.0~7.5,小量分裝,-20℃冰凍保存。一般存儲濃度為10mo/L,各成分以等當(dāng)量配制,反應(yīng)終濃度為20~200umol/L,如其中任何一種濃度不同于其他幾種時(偏高或偏低),就會引起錯配。高濃度可加速反應(yīng),但同時增加錯誤摻入和實(shí)驗成本;低濃度可提高精確性,而反應(yīng)速度會降低。dNTP的質(zhì)量與濃度和PCR擴(kuò)增效率有密切關(guān)系,dNTP粉呈顆粒狀,如保存不當(dāng)易變性失去生物學(xué)活性。多次凍融會使dNTP降解。dNTP能與Mg2+結(jié)合,使游離的Mg2+濃度降低。當(dāng)PCR需要較高濃度的dNTP時,應(yīng)在反應(yīng)體系中適當(dāng)增加Mg2+的濃度。

四、DNA聚合酶

PCR所用的酶主要有TaqPfu兩種來源,分別來自兩種不同的噬熱菌。其中,Taq擴(kuò)增效率高但易發(fā)生錯配:Pfu擴(kuò)增效率弱但有糾錯功能。所以,實(shí)際使用時必須根據(jù)需要做不同的選擇。目前使用最多的是Taq酶。該酶在92.5℃、95.0℃和97.5℃時,其半衰期分別為130分鐘、40分鐘和5~6分鐘,可見該酶具有良好的熱穩(wěn)定性。Taq酶還具有良好的延伸效率,其生物學(xué)活性在75~80℃時最高,一般用72℃,每一個酶蛋白分子每秒可延伸約150個核苷酸。在70℃時,延伸速率為60個核苷酸/秒以上。當(dāng)溫度超過80℃時,該酶延伸速率明顯下降,可能與引物—模板遭到破壞有關(guān)。其最適pH值為8.3~8.5,能催化以DNA單鏈為模板、以堿基互補(bǔ)原則為基礎(chǔ)、按5'3'方向逐個將dNTP分子連接到引物的3'端、合成一條與模板DNA互補(bǔ)的新的DNA子鏈,無3'5'的外切酶活性,沒有校正功能。某種dNTPMg2+濃度過高,會增加其錯配率。用量一般為0.5~5.0個單位/100uL。

五、PCR緩沖液(PCR buffer)

緩沖液的成分最為復(fù)雜,除水外一般包括四種有效成分:①緩沖體系,一般使用HEPESMOPS緩沖體系;②一價陽離子,一般采用鉀離子,但在特殊情況下也可使用銨根離子;③二價陽離子,即鎂離子,根據(jù)反應(yīng)體系確定,除特殊情況外不需調(diào)整;④輔助成分,常見的有DMSO、甘油等,主要用來保持酶的活性和幫助DNA接觸纏繞結(jié)構(gòu)。

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