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PCR技術(shù)之PCR污染與對策

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PCR反應(yīng)的大特點(diǎn)是具有較大擴(kuò)增能力與*的靈敏性,但令人頭痛的問題是易污 染,極其微量的污染即可造成假陽性的產(chǎn)生.

一、污染原因

(一)標(biāo)本間交叉污染:標(biāo)本污染主要有收集標(biāo)本的容器被污染,或標(biāo)本放置時(shí),由于 密封不嚴(yán)溢于容器外,或容器外粘有標(biāo)本而造成相互間交叉污染;標(biāo)本核酸模板在提 取過程中,由于吸樣槍污染導(dǎo)致標(biāo)本間污染;有些微生物標(biāo)本尤其是病毒可隨氣溶膠 或形成氣溶膠而擴(kuò)散,導(dǎo)致彼此間的污染.

(二)PCR試劑的污染:主要是由于在PCR試劑配制過程中,由于加樣槍、容器、雙蒸水 及其它溶液被PCR核酸模板污染.

(三)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物污染.這是PCR反應(yīng)中主要常見的污染問題.因?yàn)镻CR產(chǎn)物拷貝量 大(一般為1013拷貝/ml),遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于PCR檢測數(shù)個(gè)拷貝的極限,所以極微量的PCR產(chǎn)物 污染,就可造成假陽就可形成假陽性.

還有一種容易忽視,可能造成PCR產(chǎn)物污染的形式是氣溶膠污染;在空氣與液體面摩 擦?xí)r就可形成氣溶膠,在操作時(shí)比較劇烈地?fù)u動(dòng)反應(yīng)管,開蓋時(shí)、吸樣時(shí)及污染進(jìn)樣 槍的反復(fù)吸樣都可形成氣溶膠而污染.據(jù)計(jì)算一個(gè)氣溶膠顆粒可含48000拷貝,因而由 其造成的污染是一個(gè)值得特別重視的問題.

(四)實(shí)驗(yàn)室中克隆質(zhì)粒的污染:在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室及某些用克隆質(zhì)粒做陽性對照的 檢驗(yàn)室,這個(gè)問題也比較常見.因?yàn)榭寺≠|(zhì)粒在單位容積內(nèi)含量相當(dāng)高,另外在純化 過程中需用較多的用具及試劑,而且在活細(xì)胞內(nèi)的質(zhì)粒,由于活細(xì)胞的生長繁殖的簡 便性及具有很強(qiáng)的生命力.其污染可能性也很大.

二、污染的監(jiān)測

一個(gè)好的實(shí)驗(yàn)室,要時(shí)刻注意污染的監(jiān)測,考慮有無污染是什么原因造成的污染,以 便采取措施,防止和消除污染.

對照試驗(yàn)

1.陽性對照:在建立PCR反應(yīng)實(shí)驗(yàn)室及一般的檢驗(yàn)單位都應(yīng)設(shè)有PCR陽性對照,它是PCR 反應(yīng)是否成功、產(chǎn)物條帶位置及大小是否合乎理論要求的一個(gè)重要的參考標(biāo)志.陽性 對照要選擇擴(kuò)增度中等、重復(fù)性好,經(jīng)各種鑒定是該產(chǎn)物的標(biāo)本,如以重組質(zhì)粒為陽 性對照,其含量宜低不宜高(100個(gè)拷貝以下).但陽性對照尤其是重組質(zhì)粒及高濃度陽 性標(biāo)本,其對檢測或擴(kuò)增樣品污染的可能性很大.因而當(dāng)某一PCR試劑經(jīng)自己使用穩(wěn) 定,檢驗(yàn)人員心中有數(shù)時(shí),在以后的實(shí)驗(yàn)中可免設(shè)陽性對照.

2.陰性對照:每次PCR實(shí)驗(yàn)務(wù)必做陰性對照.它包括①標(biāo)本對照:被檢的標(biāo)本是血清就用 鑒定后的正常血清作對照;被檢的標(biāo)本是組織細(xì)胞就用相應(yīng)的組織細(xì)胞作對照.②試劑 對照:在PCR試劑中不加模板DNA或RNA,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,以監(jiān)測試劑是否污染.

3.重復(fù)性試驗(yàn)

4.選擇不同區(qū)域的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增

三、防止污染的方法

(一)合理分隔實(shí)驗(yàn)室:將樣品的處理、配制PCR反應(yīng)液、PCR循環(huán)擴(kuò)增及PCR產(chǎn)物的鑒定 等步驟分區(qū)或分室進(jìn)行,特別注意樣本處理及PCR產(chǎn)物的鑒定應(yīng)與其它步驟嚴(yán)格分開. 能劃分①標(biāo)本處理區(qū);②PCR反應(yīng)液制備區(qū);③PCR循環(huán)擴(kuò)增區(qū);④PCR產(chǎn)物鑒定區(qū). 其實(shí)驗(yàn)用品及吸樣槍應(yīng).實(shí)驗(yàn)前應(yīng)將實(shí)驗(yàn)室用紫外線消毒以破壞殘留的DNA或RNA.

(二)吸樣槍:吸樣槍污染是一個(gè)值得注意的問題.由于操作時(shí)不慎將樣品或模板核酸吸 入槍內(nèi)或粘上槍頭是一個(gè)嚴(yán)重的污染源,因而加樣或吸取模板核酸時(shí)要十分小心,吸 樣要慢,吸樣時(shí)盡量一次性完成,忌多次抽吸,以免交叉污染或產(chǎn)生氣溶膠污染.

(三)預(yù)混和分裝PCR試劑:所有的PCR試劑都應(yīng)小量分裝,如有可能,PCR反應(yīng)液應(yīng)預(yù)先 配制好,然后小量分裝,-20℃保存.以減少重復(fù)加樣次數(shù),避免污染機(jī)會(huì).另外,PCR試劑,PCR反應(yīng)液應(yīng)與樣品及PCR產(chǎn)物分開保存,不應(yīng)放于同一冰盒或同一 冰箱.

(四)防止操作人員污染,使用一次性手套、吸頭、小離心管應(yīng)一次性使用.

(五)設(shè)立適當(dāng)?shù)年栃詫φ蘸完幮詫φ?,陽性對照以能出現(xiàn)擴(kuò)增條帶的低量的標(biāo)準(zhǔn)病 原體核酸為宜,并注意交叉污染的可能性,每次反應(yīng)都應(yīng)有一管不加模板的試劑對照 及相應(yīng)不含有被擴(kuò)增核酸的樣品作陰性對照.

(六)減少PCR循環(huán)次數(shù),只要PCR產(chǎn)物達(dá)到檢測水平就適可而止.

(七)選擇質(zhì)量好的Eppendorf管,以避免樣本外溢及外來核酸的進(jìn)入,打開離心管前 應(yīng)先離心,將管壁及管蓋上的液體甩至管底部.開管動(dòng)作要輕,以防管內(nèi)液體濺出. 

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